Program Pendidikan Khas Integrasi (PPKI) Bermasalah Pembelajaran SMKJR mula beroperasi pada 2 Januari 1996 (seramai 24 murid dan 3 guru). Kini enrolmennya mencecah 70 murid dan 18 guru (11 kelas). PPKI SMKJR adalah program sekolah menengah pertama dalam daerah Hulu Langat. Sehingga kini seorang penolong Kanan Pendidikan Khas telah dilantik pada tahun 2009.
